Sus scrofa: COL1A2
Collagen type I alpha 2 chain
Ahn et al. G3 10: 4037-4047, 2020
Species | Gene | Aliases | Location | Status | Expressed Allele |
---|---|---|---|---|---|
Sus scrofa | COL1A2 | 9 | Not Imprinted | Biallelic |
- Ensembl
- NCBI Databases [ Gene | cDNA | SNPs ]
- Pubmed [ PubMed Central ]
Export
1 ttttagcacccaggcggcaggaggtttcggcaaagttggaggtactggccacgactgcat 60 ............................................................ 61 gcctgcgcccgccaggtgatacctccgccggtgacccaggggctctgctacacaaggagt 120 ............................................................ 121 ctgcatgtctaagtggtagacATGCTCAGCTTTGTGGATACGCGGACTTTGTTGCTGCTT 180 .....................M--L--S--F--V--D--T--R--T--L--L--L--L-- 181 GCAGTAACTTCGTGCCTAGCAACATGCCAATCTTTACAAGAGGCAACTGCAAGAAAGGGC 240 A--V--T--S--C--L--A--T--C--Q--S--L--Q--E--A--T--A--R--K--G-- 241 CCAACTGGAGATAGAGGACCACGCGGAGAAAGGGGTCCACCAGGCCCACCAGGCAGAGAT 300 P--T--G--D--R--G--P--R--G--E--R--G--P--P--G--P--P--G--R--D-- 301 GGTGATGATGGTATCCCAGGCCCTCCTGGTCCACCTGGTCCTCCTGGCCCCCCTGGTCTT 360 G--D--D--G--I--P--G--P--P--G--P--P--G--P--P--G--P--P--G--L-- 361 GGCGGGAACTTTGCTGCTCAGTATGATGGAAAAGGAGTTGGAGCTGGCCCTGGACCAATG 420 G--G--N--F--A--A--Q--Y--D--G--K--G--V--G--A--G--P--G--P--M-- 421 GGTTTGATGGGACCTAGGGGCCCTCCTGGGGCAGTTGGAGCCCCTGGCCCTCAAGGTTTC 480 G--L--M--G--P--R--G--P--P--G--A--V--G--A--P--G--P--Q--G--F-- 481 CAAGGACCTGCTGGTGAGCCTGGCGAACCTGGTCAGACTGGTCCTGCTGGTGCTCGTGGT 540 Q--G--P--A--G--E--P--G--E--P--G--Q--T--G--P--A--G--A--R--G-- 541 CCACCTGGCCCTCCTGGCAAGGCTGGTGAGGATGGTCACCCTGGAAAACCCGGACGACCT 600 P--P--G--P--P--G--K--A--G--E--D--G--H--P--G--K--P--G--R--P-- 601 GGTGAGAGAGGAGTTGTTGGACCACAGGGTGCTCGTGGTTTCCCTGGAACTCCTGGACTT 660 G--E--R--G--V--V--G--P--Q--G--A--R--G--F--P--G--T--P--G--L-- 661 CCTGGCTTCAAGGGCATTAGGGGTCACAACGGTCTGGATGGATTGAAGGGACAGCCCGGT 720 P--G--F--K--G--I--R--G--H--N--G--L--D--G--L--K--G--Q--P--G-- 721 GCTCCAGGTGTGAAGGGCGAACCTGGTGCCCCCGGCGAAAATGGAACTCCAGGTCAAACA 780 A--P--G--V--K--G--E--P--G--A--P--G--E--N--G--T--P--G--Q--T-- 781 GGAGCTCGCGGGCTTCCTGGTGAGAGAGGACGTGTCGGTGCTCCTGGCCCAGCTGGTGCC 840 G--A--R--G--L--P--G--E--R--G--R--V--G--A--P--G--P--A--G--A-- 841 CGTGGAAATGATGGAAGTGTGGGTCCTGTGGATCCTGCTGGTCCCATTGGGTCTGCTGGC 900 R--G--N--D--G--S--V--G--P--V--D--P--A--G--P--I--G--S--A--G-- 901 CCTCCAGGCTTCCCAGGTGCTCCTGGCCCCAAGGGTGAACTTGGACCTGTTGGTAACCCT 960 P--P--G--F--P--G--A--P--G--P--K--G--E--L--G--P--V--G--N--P-- 961 GGTCCTGCAGGTCCTGCGGGTCCCCGTGGTGAAGTGGGTCTTCCAGGTGTTTCTGGCCCT 1020 G--P--A--G--P--A--G--P--R--G--E--V--G--L--P--G--V--S--G--P-- 1021 GTTGGACCTCCTGGCAACCCTGGAGCCAACGGCCTTCCTGGTGCTAAGGGTGCTGCTGGC 1080 V--G--P--P--G--N--P--G--A--N--G--L--P--G--A--K--G--A--A--G-- 1081 CTGCCTGGTGTTGCTGGGGCTCCTGGCCTCCCTGGGCCTCGAGGTATTCCTGGCCCTGCT 1140 L--P--G--V--A--G--A--P--G--L--P--G--P--R--G--I--P--G--P--A-- 1141 GGTGCTGCTGGTGCTACTGGTGCCAGAGGTCTTGTTGGTGAGCCTGGTCCAGCTGGTTCC 1200 G--A--A--G--A--T--G--A--R--G--L--V--G--E--P--G--P--A--G--S-- 1201 AAAGGAGAGAGCGGCAACAAGGGCGAGCCTGGTGCTGCTGGGCCCCAAGGTCCTCCTGGT 1260 K--G--E--S--G--N--K--G--E--P--G--A--A--G--P--Q--G--P--P--G-- 1261 CCCAGTGGTGAAGAAGGAAAGAGAGGCCCCAATGGAGAAGTTGGATCTGCTGGCCCCCCA 1320 P--S--G--E--E--G--K--R--G--P--N--G--E--V--G--S--A--G--P--P-- 1321 GGACCTCCTGGGCTGAGGGGAAATCCTGGTTCTCGTGGTCTCCCTGGAGCTGATGGCAGA 1380 G--P--P--G--L--R--G--N--P--G--S--R--G--L--P--G--A--D--G--R-- 1381 GCTGGTGTCATGGGCCCTCCTGGTAGTCGTGGTCCAACTGGCCCTGCTGGTGTTCGAGGT 1440 A--G--V--M--G--P--P--G--S--R--G--P--T--G--P--A--G--V--R--G-- 1441 CCCAATGGAGATTCTGGTCGCCCTGGAGAGCCTGGCCTTATGGGACCCCGAGGTTTCCCT 1500 P--N--G--D--S--G--R--P--G--E--P--G--L--M--G--P--R--G--F--P-- 1501 GGATCCCCTGGAAATGTTGGTCCAGCTGGTAAAGAAGGTCCTGCGGGCCTCCCTGGTATT 1560 G--S--P--G--N--V--G--P--A--G--K--E--G--P--A--G--L--P--G--I-- 1561 GATGGCAGGCCTGGACCAATTGGCCCAGCTGGAGCAAGAGGAGAGCCTGGCAACATTGGA 1620 D--G--R--P--G--P--I--G--P--A--G--A--R--G--E--P--G--N--I--G-- 1621 TTCCCTGGACCCAAAGGCCCCACTGGTGATCCTGGCAAAAATGGTGAAAAAGGTCATGCT 1680 F--P--G--P--K--G--P--T--G--D--P--G--K--N--G--E--K--G--H--A-- 1681 GGTCTGGCTGGTGCTCGGGGTGCCCCAGGTCCTGATGGAAACAATGGTGCTCAGGGACCT 1740 G--L--A--G--A--R--G--A--P--G--P--D--G--N--N--G--A--Q--G--P-- 1741 CCTGGACCACAGGGTGTTCAAGGTGGAAAAGGTGAACAAGGTCCCGCTGGTCCTCCAGGC 1800 P--G--P--Q--G--V--Q--G--G--K--G--E--Q--G--P--A--G--P--P--G-- 1801 TTCCAGGGTCTCCCTGGCCCCGCAGGTACAGCTGGTGAAGTTGGCAAACCAGGAGAAAGG 1860 F--Q--G--L--P--G--P--A--G--T--A--G--E--V--G--K--P--G--E--R-- 1861 GGTATCCCTGGTGAATTTGGTCTCCCTGGTCCTGCTGGTCCAAGAGGGGAGCGTGGTCCC 1920 G--I--P--G--E--F--G--L--P--G--P--A--G--P--R--G--E--R--G--P-- 1921 CCAGGTGAAAGTGGTGCTGCTGGTCCTGCTGGTCCTATTGGAAGCCGAGGTCCTTCTGGA 1980 P--G--E--S--G--A--A--G--P--A--G--P--I--G--S--R--G--P--S--G-- 1981 CCCCCGGGGCCTGATGGCAACAAGGGCGAACCTGGTGTGCTTGGTGCTCCAGGCACTGCT 2040 P--P--G--P--D--G--N--K--G--E--P--G--V--L--G--A--P--G--T--A-- 2041 GGTCCATCTGGTCCTAGTGGACTCCCAGGAGAGAGGGGTGCTGCTGGCATACCTGGAGGC 2100 G--P--S--G--P--S--G--L--P--G--E--R--G--A--A--G--I--P--G--G-- 2101 AAGGGAGAAAAGGGTGAAACTGGTCTCAGAGGTGACGTTGGTAGCCCTGGCAGAGATGGT 2160 K--G--E--K--G--E--T--G--L--R--G--D--V--G--S--P--G--R--D--G-- 2161 GCTCGTGGTGCTCCTGGTGCTGTAGGTGCCCCTGGTCCTGCTGGAGCCAATGGGGACCGG 2220 A--R--G--A--P--G--A--V--G--A--P--G--P--A--G--A--N--G--D--R-- 2221 GGTGAAGCTGGCCCTGCTGGCCCTGCTGGCCCTGCTGGTCCTCGTGGTAGTCCTGGTGAA 2280 G--E--A--G--P--A--G--P--A--G--P--A--G--P--R--G--S--P--G--E-- 2281 CGTGGTGAGGTTGGTCCTGCTGGCCCCAATGGATTTGCTGGTCCTGCTGGTGCTGCCGGT 2340 R--G--E--V--G--P--A--G--P--N--G--F--A--G--P--A--G--A--A--G-- 2341 CAACCTGGTGCTAAAGGAGAGAGAGGAACCAAAGGGCCCAAAGGTGAAAATGGTCCTGTT 2400 Q--P--G--A--K--G--E--R--G--T--K--G--P--K--G--E--N--G--P--V-- 2401 GGTCCCACAGGCCCTGTTGGAGCTGCTGGCCCAGCTGGTCCAAATGGTCCTCCTGGTCCT 2460 G--P--T--G--P--V--G--A--A--G--P--A--G--P--N--G--P--P--G--P-- 2461 GCTGGCAGTCGTGGTGATGGCGGCCCCCCTGGTGCTACTGGTTTCCCTGGTGCTGCTGGA 2520 A--G--S--R--G--D--G--G--P--P--G--A--T--G--F--P--G--A--A--G-- 2521 CGGATTGGTCCTCCTGGACCTTCTGGTATCTCTGGGCCCCCTGGACCCCCTGGTCCTGCT 2580 R--I--G--P--P--G--P--S--G--I--S--G--P--P--G--P--P--G--P--A-- 2581 GGGAAAGAAGGACTTCGTGGGCCTCGTGGTGACCAAGGTCCAGTTGGTCGAACTGGAGAA 2640 G--K--E--G--L--R--G--P--R--G--D--Q--G--P--V--G--R--T--G--E-- 2641 ACAGGTGCATCTGGCCCCCCTGGCTTTGCTGGTGAGAAAGGTCCCTCTGGAGAGCCTGGT 2700 T--G--A--S--G--P--P--G--F--A--G--E--K--G--P--S--G--E--P--G-- 2701 ACTGCTGGACCTCCTGGTACCCCAGGTCCTCAAGGTATTCTTGGTGCTCCTGGTTTTCTG 2760 T--A--G--P--P--G--T--P--G--P--Q--G--I--L--G--A--P--G--F--L-- 2761 GGTCTCCCTGGCTCTAGAGGTGAACGTGGTCTACCAGGTGTTGCTGGATCAGTGGGTGAA 2820 G--L--P--G--S--R--G--E--R--G--L--P--G--V--A--G--S--V--G--E-- 2821 CCTGGCCCTCTCGGCATTGCAGGCCCACCTGGGGCCCGTGGTCCCCCTGGTGCTGTGGGT 2880 P--G--P--L--G--I--A--G--P--P--G--A--R--G--P--P--G--A--V--G-- 2881 AATCCTGGTGTCAATGGTGCTCCTGGTGAAGCTGGTCGTGATGGCAACCCTGGAAGCGAT 2940 N--P--G--V--N--G--A--P--G--E--A--G--R--D--G--N--P--G--S--D-- 2941 GGTCCCCCAGGCCGAGATGGTCAAGCTGGACACAAGGGCGAGCGTGGTTACCCTGGTAAT 3000 G--P--P--G--R--D--G--Q--A--G--H--K--G--E--R--G--Y--P--G--N-- 3001 CCTGGTCCTGCTGGTGCTGCAGGAGCACCTGGTCCTCAAGGTGCTGTGGGTCCCGCTGGC 3060 P--G--P--A--G--A--A--G--A--P--G--P--Q--G--A--V--G--P--A--G-- 3061 AAACATGGAAACCGTGGTGAACCTGGTCCTGCTGGTTCTGTTGGTCCTGCTGGTGCTGTT 3120 K--H--G--N--R--G--E--P--G--P--A--G--S--V--G--P--A--G--A--V-- 3121 GGTCCAAGAGGTCCTAGTGGCCCACAAGGTATTCGAGGTGAGAAGGGAGAGCCTGGTGAT 3180 G--P--R--G--P--S--G--P--Q--G--I--R--G--E--K--G--E--P--G--D-- 3181 AAGGGGCCCAGAGGTCTTCCTGGCTTGAAGGGACACAACGGATTGCAAGGTCTTCCTGGT 3240 K--G--P--R--G--L--P--G--L--K--G--H--N--G--L--Q--G--L--P--G-- 3241 CTTGCTGGTCATCATGGTGATCAAGGTGCTCCTGGCCCTGTGGGTCCTGCTGGTCCTAGG 3300 L--A--G--H--H--G--D--Q--G--A--P--G--P--V--G--P--A--G--P--R-- 3301 GGTCCAGCTGGTCCTTCTGGCCCTGCTGGCAAAGATGGTCGCACTGGACAACCTGGTGCA 3360 G--P--A--G--P--S--G--P--A--G--K--D--G--R--T--G--Q--P--G--A-- 3361 GTTGGACCTGCTGGCATTCGTGGCTCTCAAGGAAGCCAAGGTCCTGCTGGTCCTCCTGGT 3420 V--G--P--A--G--I--R--G--S--Q--G--S--Q--G--P--A--G--P--P--G-- 3421 CCTCCTGGCCCTCCTGGACCACCTGGCCCAAGTGGTGGTGGTTATGATTTTGGATATGAA 3480 P--P--G--P--P--G--P--P--G--P--S--G--G--G--Y--D--F--G--Y--E-- 3481 GGAGACTTCTACAGGGCTGACCAGCCTCGCTCACCACCTTCTCTCAGACCCAAGGATTAT 3540 G--D--F--Y--R--A--D--Q--P--R--S--P--P--S--L--R--P--K--D--Y-- 3541 GAAGTTGATGCTACTCTGAAATCTCTCAACAACCAGATTGAGACTCTACTTACTCCAGAA 3600 E--V--D--A--T--L--K--S--L--N--N--Q--I--E--T--L--L--T--P--E-- 3601 GGCTCTAGGAAGAACCCAGCTCGCACATGCCGTGACTTGAGACTCAGCCACCCAGAATGG 3660 G--S--R--K--N--P--A--R--T--C--R--D--L--R--L--S--H--P--E--W-- 3661 AGTAGTGGTTACTACTGGATTGACCCTAACCAAGGATGTACTATGGATGCTATCAAAGTA 3720 S--S--G--Y--Y--W--I--D--P--N--Q--G--C--T--M--D--A--I--K--V-- 3721 TACTGTGATTTCTCTACTGGTGAAACCTGCATTCGGGCTCAACCTGAAAACATCCCAGCC 3780 Y--C--D--F--S--T--G--E--T--C--I--R--A--Q--P--E--N--I--P--A-- 3781 AAAAACTGGTACAGAAACTCCAAGGTCAAGAAGCACGTCTGGTTAGGAGAAACTATCAAT 3840 K--N--W--Y--R--N--S--K--V--K--K--H--V--W--L--G--E--T--I--N-- 3841 GGTGGTACCCAGTTTGAATATAATATGGAAGGAGTTACCACCAAGGAAATGGCTACACAA 3900 G--G--T--Q--F--E--Y--N--M--E--G--V--T--T--K--E--M--A--T--Q-- 3901 CTTGCCTTCATGCGCCTGCTGGCCAACCATGCCTCCCAAAACATCACCTACCATTGCAAG 3960 L--A--F--M--R--L--L--A--N--H--A--S--Q--N--I--T--Y--H--C--K-- 3961 AACAGCATTGCATACATGGATGAAGAGACTGGCAACCTGAAAAAGGCTGTCATTCTGCAA 4020 N--S--I--A--Y--M--D--E--E--T--G--N--L--K--K--A--V--I--L--Q-- 4021 GGATCCAATGATGTTGAACTTGTTGCCGAGGGCAACAGCAGATTCACCTACACTGTTCTT 4080 G--S--N--D--V--E--L--V--A--E--G--N--S--R--F--T--Y--T--V--L-- 4081 GTAGATGGCTGTTCTAAAAAAACAAATGAATGGAGAAAAACAATCATTGAATATAAAACA 4140 V--D--G--C--S--K--K--T--N--E--W--R--K--T--I--I--E--Y--K--T-- 4141 AATAAGCCATCTCGCCTGCCTATCCTTGATATTGCACCTTTGGACATCGGTGATGCTGAC 4200 N--K--P--S--R--L--P--I--L--D--I--A--P--L--D--I--G--D--A--D-- 4201 CAAGAAGTCAGTGTGGACGTTGGCCCAGTCTGTTTCAAATAAatgaactcaacctaaatt 4260 Q--E--V--S--V--D--V--G--P--V--C--F--K--***.................. 4261 aaagaaaaaggaaatctgaaaaatttctctctttgccatttctttttcttcttttttaac 4320 ............................................................ 4321 tgaaagctgaatcattccatttcttctgcacatctacttgcttaaattgtgggcaaaaga 4380 ............................................................ 4381 gaaggagaaggattgatcagagcatcgtgcaatacaattaattcgttccctgtccctctt 4440 ............................................................ 4441 cccctccccaaaagatttggaatttttttcaacattctaacacctgttgtggaaaatgtc 4500 ............................................................ 4501 aacctttgtaagaaaaccaaaaataaaaattgaaaaataaaataaaaaccatgaacattt 4560 ............................................................ 4561 gcaccacttgtggcttttgaatatcttccacagagggaagtttaaaacccaaacttccaa 4620 ............................................................ 4621 aggtttaaactacctcaaaacactttcctgtgagtgtgatccataccattaggtgctgac 4680 ............................................................ 4681 ctatacagagatgagctgaggtacttgttttttgttcaaaatacaaaggtgctaattaat 4740 ............................................................ 4741 agtattttagatacttgaagaatgtttatggtgctaggagaatttgagaagaaatactct 4800 ............................................................ 4801 tctgttttgagttgtattgtgtattttttttcatctgatttaatatcagtactttacatc 4860 ............................................................ 4861 ttattcctgaataaaagtaaagtggatcatttgcccagcattgtcctcttctttaaattc 4920 ............................................................ 4921 agcatttgttctttgccagtctcattttcatcctctcccatggttccaaagaagccttgt 4980 ............................................................ 4981 ttctcagacaagcagaaaaattaaattgtacctattttgtatatgtgagatgtttaaata 5040 ............................................................ 5041 aattgtgaaaaaaatgaaataaagcatgtttggttttccaaaagaaaaaaaaaaaaaaaa 5100 ............................................................ 5101 aaaaaaaaaaaaaa 5160 ..............